Kendati pemenang pemilihan presiden belum diumumkan secara resmi, tetapi kasakkusuk soal reorganisai Kementerian Keuangan sudah menggelayuti lembaga tersebut. Salah satu isu yang disorot adalah perihal pembentukan badan khusus yang mengurusi penerimaan negara. Bahkan, sumber Bisnis di Kementerian Keuangan menyatakan, sudah ada instruksi untuk melakukan kajian pembentukan badan tersebut. Faktanya, pembentukan badan yang mengurusi penerimaan negara tersebut merupakan program seluruh pasangan peserta Pemilihan Presiden 2024. Badan baru tersebut digadang-gadang menjadi mesin anyar yang dapat mengakselerasi penerimaan negara, baik dari pajak, bea dan cukai, maupun penerimaan negara bukan pajak (PNBP). Sejumlah sumber Bisnis di Kementerian Keuangan pun menyampaikan argumentasi mengambang soal tugas pokok dan fungsi institusi peleburan Ditjen Pajak, Ditjen Bea dan Cukai, serta Direktorat PNBP itu. Sumber Bisnis mengatakan, ada beberapa isu yang masih menjadi perdebatan. Pertama, soal komposisi jabatan dalam struktur organisasi badan baru itu. Selain jumlah dan jenis struktur apa saja yang akan dicakup, mekanisme pemilihan pimpinan juga belum final. Apakah penunjukan langsung Presiden, atau uji kelayakan di Dewan Perwakilan Rakyat (DPR). Kedua, isu mengenai esensi dari badan penerimaan tersebut. Sebagian kalangan meminta lembaga baru itu berfokus pada pengumpulan penerimaan negara, sedangkan kelompok lain mengusulkan agar lembaga itu juga mengatur soal belanja perpajakan alias insentif fiskal. Ketiga, esensi pembentukan badan khusus itu yang dipandang kurang realistis. Pasalnya, apabila hanya ditujukan untuk memenuhi target tax ratio, maka yang diperlukan adalah reformasi perpajakan, bukan pemisahan institusi. Atas dasar itu, kemudian muncul usulan untuk mengubah struktur penerimaan pajak dengan cara menyelaraskan porsi penerimaan negara dari sektor yang berkontribusi besar terhadap produk domestik bruto (PDB). 

Agenda lain adalah meleburkan Kementerian Perencanaan Pembangunan Nasional/Badan Perencanaan Pembangunan Nasional (PPN/Bappenas) dengan Badan Kebijakan Fiskal (BKF) dan Ditjen Anggaran melalui lembaga baru bernama Badan Perencanaan Nasional dan Fiskal. Adapun, program terakhir adalah mendirikan Badan Pengelolaan Aset dan Risiko yang terdiri dari penggabungan Ditjen Perbendaharaan, Ditjen Kekayaan Negara, serta Ditjen Pengelolaan Pembiayaan dan Risiko. Akan tetapi jika ditengok, reorganisasi kali ini merupakan momentum yang paling krusial. Sebab, selama ini tax ratio di Tanah Air hanya berkutat di kisaran 10% lantaran banyaknya fasilitas pengecualian atau pembebasan, maraknya praktik penghindaran pajak, hingga banyaknya harta wajib pajak yang tidak terdeteksi fiskus meski pemerintah telah menggulirkan program pengampunan pajak. Menteri Keuangan Sri Mulyani, mengatakan rendahnya tax ratio juga dipengaruhi adanya beberapa sektor ekonom yang tidak dipajaki, misalnya yang terkait dengan upaya menurunkan tingkat kemiskinan, hingga pemberlakuan penghasilan tidak kena pajak (PTKP). Sementara itu, kalangan dunia usaha dan ekonom memandang kunci utama dari kenaikan rasio perpajakan bukan semata mendirikan lembaga baru, melainkan ekstensifikasi. Ketua Komite Tetap Kebijakan Publik Kamar Dagang dan Industri (Kadin) Indonesia Chandra Wahjudi, memahami alasan pemerintah mendirikan badan penerimaan yakni untuk mengoptimalkan penerimaan negara sebagaimana yang dilakukan di banyak negara. Ekonom Center of Reform on Economics (Core) Indonesia Yusuf Rendy Manilet, mengatakan pemerintah perlu segera menerbitkan naskah akademik soal badan penerimaan negara untuk meminimalkan kepanikan di kalangan wajib pajak. Soal reorganisasi Kementerian Keuangan dan Bappenas, Direktur Center of Economic and Law Studies Bhima Yudhistira, mengatakan penggabungan Bappenas dan BKF akan memudahkan perencanaan pembangunan dan fiskal jangka panjang.